如何使用bioconductor docker来debug程序中的错误

在package的维护过程中,我们常常遇到的一个困难就是无法重复bioconductor build系统中的错误。有些时候我们想方设法把系统做得和bioconductor build系统做得一致,但是过了几个月,因为疏于维护,或者每日更新过于麻烦,有些时候就无法重复bioconductor build中的错误了。

在这个时候,我们可以利用bioconductor docker来对自己的package进行debug。docker,其实就是一个虚拟机系统,把别人做好的系统直接虚拟运行。当我们下载了bioconductor docker后就可以在本地运行一个与bioconductor build system大约一样的系统了。下面就是具体步骤。

1. 下载docker并安装运行,https://docs.docker.com/engine/getstarted/。

2. 在terminal里运行: docker pull bioconductor/devel_core2

3. 在terminal里运行: docker run -it bioconductor/devel_protmetcore2 bash

3.1 在进入bioconductor docker后,下载需要维护的包, wget https://github.com/Bioconductor-mirror/target.package/archive/master.zip; unzip master.zip

3.2 运行R CMD check

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